فى نهاية حكم الفاطميين قرب نهاية القرن الحادى عشر كان للحاكم زوجة تنتمى لطائفة الروم ، فأوعزت للخليفة أن يمكن أبناء جلدتها من هذه الكنيسة وفعلاً إستجاب لها .. ووافق لطائفة الاروام الارثوزوكس ان يقومون بالصلاة واقامة شعائرهم في هذه الكنيسة و ألزمت عليه في هذا الامر فوافقها فيه إلا أن الاقباط استردوا ملكية الكنيسة بعد انهاء حكم الدولة الفاطمية ومما يدل على صحة هذه المعلومة أنه كان للكنيسة مدخل من الجهة الغربية فى السور الفاصل بين ارضية فناء الكنيسة وبين ارض طائفة الروم الارثوذكس (مدافن حالية) وكان هذا المكان يسمي قاعة وصل حيث يتصل بملكية الاروام وقد اغلق هذا المكان منذ القرن الرابع عشرة واستقرت ملكة الكنيسة لطائفة الاقباط الارثوذوكس وتناوبت علي الكنيسة منذ ذالك التاريخ الترميمات والتجديدات حتى الحريق الذي دمر الكنيسة بالكامل فى19مارس 1979 .
