كنيسة القديسة العذراء مريم هذه مبنية على الطراز القوطى سقفها مكون من ست قباب بها فتحات دائرية على شكل صليب مركب عليها أقراص زجاجية ملونة تدخل منها اشعة الشمس حسب دورانها الكونى ، يستطيع الداخل للكنيسة أن يرى شعاع الشمس منبعث من سقفها يعمل على اضاءتها بضوء خافت يضفى على الكنيسة من الداخل جو روحى جميل ، والقباب الست محمولة على عمودين من الرخام يقعا فى وسط صحن الكنيسة (إستبدلا بعمودين من الجرانيت الوردى فى عملية إعادة البناء الأخيرة ) وأعمدة أخرى مبنية من الحجر داخل الحوائط الجانبية تحمل القباب المكونة لسقف الكنيسة ، وهذا الطراز يعتبر فريد بالنسبة للكنائس الموجودة داخل نطاق حصن بابليون حيث تعتبر هذه الكنيسة وكنيسة الشهيد العظيم مار جرجس المجاورة لهما هذاالطراز المعمارى ، حيث باقى الكنائس مبنية على الطراز البازليكى المكون من جانحين يفصلهما صفين من الأعمدة عن الجناح الأوسط
وللكنيسة ثلاثة هياكل الهيكل الاوسط مكرسا على اسم القديسة العذراء مريم ام النور ، والهيكل البحرى مكرسا على اسم الملاك الجاليل ميخائيل ، والهيكل القبلى مكرسا على اسم الاسقف الشهيد الانبا صرابامون اسقف مدينة نيقوس من القرن الخامس (وهى تسمى زاوية رزان بمحافظة المنوفية حاليا ) وتضم الكنيسة جزء من رفاته المقدسة إلى يومنا هذا ، وتعيد له الكنيسة فى 28 هاتور من كل عام ، ويأتى الكثيرون للتشفع بهذا القديس وله عجائب ومعجزات كثيرة ، وكانت الكنيسة تضم مجموعة من الايقونات القبطية البديعة صورت جميعها فى القرن الثامن عشر رسمها مصور الايقونات البارع فى هذا العصر يوحنا الارمنى والمصور القدير ابراهيم الناسيخ منها أيقونة الأباء البطاركة إبراهيم وإسحاق ويعقوب ، وأيقونة للشهيدين يسطس وأبلى ، وأيقونة للشهيد أبو فام الجندى والشهيد مار مينا والأنبابرسوم العريان وغيرهم .
وكان يوجد بالكنيسة إمبل من الخشب ، قائم على أربعة عمدان من الخشب ملاصق للجدار البحرى للكنيسة وله سلم خشبى يذكر اللذين عاصروا الكنيسة أنه كان يستخدم فى قراءة سفر مراثى أرميا النبى يوم الجمعة العظيمة بلحنه المميز .
