عندما اعتلي السدة المرقسية البابا كيرلس الخامس (1874-1927 م ) اهتم بتجديد وترميم الكنيسة ، و بعمارة الكنائس عموماً ، ويذكر له تجديد معظم كنائس القطر المصري ومنها كنيسة العذراء قصرية الريحان حيث جددت الكنيسة بالكامل ، واهتم بعمارتها المرحوم نسيم شحاتة واقام المقصورات الموجود بها ايقونات العذراء و القديسين كما كما أشرف على ترميم المبنى الأرخن مرقص سميكة باشا ، حتى يظهر فيها الطابع القبطي القديم ، حيث عدل مدخل الكنيسة ووضع علي مدخل الكنيسة عمودين من الرخام كان قد عثر عليهم اثناء حفر نفق دير النحاس (الملك الصالح) ، وباقي هذه الاعمدة المعثور عليها أثناء حفر النفق موضوعة في فناء المتحف القبطي إلى اليوم .
وقد تم حفر خندق محيط بجدران الكنيسة من الخارج لحماية جدرانها من تأثير الرطوبة وتم تجليد جدار النفق بالحجر الجيرى.
